Allelen kunnen in twee categorieën worden ingedeeld: dominante en recessieve allelen.

Een recessief allel komt alleen tot uitdrukking in het fenotype als hij op beide loci in het genotype voorkomt. Een recessief fenotype komt daarom alleen voor bij homozygootrecessieve individuen.

Onvolledig dominant

Ook bestaan er onvolledig dominante allelen. Bij deze genen komen in een heterozygootindividu beide allelen meer of minder tot uitdrukking. Een voorbeeld hiervan is het allel voor bruine oogkleur. Bij iemand die homozygoot is voor bruine ogen, zijn de ogen wat donkerder dan bij iemand die heterozygoot is voor oogkleur. Het fenotype noemen we dan intermediair.

In veel gevallen is het zo dat een dominant allel wel codeert voor een werkend eiwit, en een recessief allel niet. In het geval van onvolledige dominantie, kan het fenotype afhankelijk zijn van de hoeveelheid eiwit: 1 allel maakt minder eiwit dan 2.