Een short tandem repeat is een serie herhalingen van korte stukjes nucleotidenvolgorde in het DNA. Het herhaalde stukje DNA bestaat uit twee tot vijf nucleotiden.

Als je bijvoorbeeld kijkt naar deze DNA-sequentie: GTTACGTTACGTTACGTTAC, dan zie je dat het herhaalde stukje DNA (GTTAC) uit vijf nucleotiden bestaat. Short tandem repeats behoren tot het niet-coderende DNA. Ongeveer drie procent van het menselijk genoombestaat uit short tandem repeats. Menselijke telomeren bestaan uit vergelijkbare herhalingen, maar dan van zes nucleotiden.

Genetische merker

Het aantal kopieën van een herhaald stukje DNA kan van plek tot plek in het genoom variëren. Zo kan de ene plaats in het genoom honderdduizenden herhalingen van GTTAC bevatten, en een andere plek in het genoom de helft daarvan. Ook is het precieze aantal herhalingen van short tandem repeats uniek voor elk individu. Door deze variatie zijn short tandem repeats te gebruiken als genetische merker. Daarvan wordt gebruikt gemaakt bij het maken van DNA-profielen.