Een restrictie-enzym is een enzym dat een specifieke DNA-volgorde herkent en op die plek de DNA-strengen doorknipt.

Elk restrictie-enzym heeft een eigen specifieke nucleotidenvolgorde, meestal 4 tot 8 nucleotiden lang, die herkend wordt. Vaak zijn de volgordes ook palindromisch: de sequentie is in 5’-3’-richting hetzelfde op beide strengen.

Op een plek waar DNA opengeknipt is, kan een ander stuk DNA kunstmatig ingevoegd worden. Dit gebeurt met behulp van het enzym DNA-ligase dat de uiteinden van het opengeknipte DNA en het in te voegen fragment aan elkaar plakt.  Op deze manier is het mogelijk om recombinant DNA te maken.

Restrictie-enzymen zijn ontdekt in bacteriën in de jaren 70 van de 20ste eeuw. Ze functioneren bij bacteriën als bescherming tegen injectie van virus-DNA. Hun ontdekking leidde tot de ontwikkeling van genetische modificatie.