Immunofluorescentie is een methode die wordt gebruikt voor het kleuren van eiwitten of eiwitstructuren in een monster of op een weefsel. Doordat alleen een specifiek eiwit wordt aangekleurd, kan de aanwezigheid of plaats van dat eiwit worden onderzocht.

Immunofluorescentiemicroscopie heeft een belangrijke rol in het diagnosticeren van auto-immuunziektes. Hierbij worden antistoffen gevonden, gericht tegen onderdelen van het eigen lichaam. Als een stukje weefsel van een patiënt deze antistoffen bevat, kunnen deze zichtbaar worden gemaakt door ze te kleuren met fluorescent gelabelde (dierlijke) antistoffen gericht tegen menselijke antistoffen als IgG of IgA.