Een primer is een kort stukje enkelstrengs RNA dat aan het begin van de DNA-replicatievia basenparing gebonden is aan de DNA-sjabloonstreng.

Zonder primer kan het enzym DNA-polymerase niet beginnen met het maken van een nieuwe DNA-streng. DNA-polymerase kan namelijk niet zomaar op een enkele streng DNA beginnen met kopieren: het kan alleen nieuwe nucleotiden vastplakken aan het 3’-uiteinde van een al bestaande streng. Daarom wordt de sjabloonstreng eerst door het enzym primase voorzien van een aantal complementaire RNA-nucleotiden. Het resultaat is een primer van ongeveer vijf tot tien nucleotiden lang. De primer heeft een vrij 3’-uiteinde, van waaruit de productie van de nieuwe DNA-streng wordt gestart.

Polymerase chain reaction

DNA kan kunstmatig vermenigvuldigd worden met de polymerase chain reaction (PCR). Bij een PCR worden primers toegevoegd, die specifiek hechten aan het stukje DNA dat vermeerderd moet worden.