Metabolomics wil alle metabolieten in kaart brengen. Metabolieten zijn belangrijke bestanddelen van voedingsmiddelen, zoals suikers, vetten en aminozuren. Ze zijn bepalend voor de voedingswaarde van een product. Met dit onderzoek kan bijvoorbeeld gekeken worden naar de verschillen tussen gewoon voedsel en genetisch gemodificeerd voedsel. Metabolomics kan een belangrijke bijdrage aan voedselveiligheid leveren.