We noemen een individu homozygoot voor een bepaald locus, als zijn homologe chromosomen op dat locus gelijk zijn.

Diploide organismen, zoals mensen, hebben twee exemplaren van elk chromosoom, een van de vader en een van de moeder. Die homologe chromosomen kunnen op elke willekeurige plaats, of daar nu een gen ligt of niet, gelijk of verschillend zijn. Zijn ze verschillend, dan noemen we dat heterozygoot.

Identieke allelen

Als een organisme homozygoot is voor een bepaald gen, dan zijn de allelen die het voor dat gen heeft identiek. Het maakt dan niet uit of die allelen dominant of recessief zijn: de eigenschap die erbij hoort, komt altijd tot uiting in het fenotype.