Kleinste genoom van alle plantjes
- Joost Keurentjes is AIO bij Wageningen Universiteit en Researchcentrum (WUR).
Joost Keurentjes (36) is AIO bij Wageningen Universiteit en Researchcentrum (WUR). Hij doet genetisch onderzoek naar Arabidopsis thaliana, in het Nederlands bekend als de zandraket.
Arabidopsis? Wat is dat voor een plant?
Het is eigenlijk een klein, onooglijk plantje dat op veel plekken ter wereld voorkomt. Het is een éénjarige plant uit de mosterdfamilie en wordt maximaal 20 - 30 centimeter hoog.
Wat onderzoek jij precies?
Ik probeer in kaart te brengen welke genen betrokken zijn bij het reguleren van bepaalde eigenschappen van Arabidopsis. Dat kan bijvoorbeeld de bloeitijd zijn, wanneer gaat een plant bloeien? Dankzij nieuwe technieken kunnen we op grote schaal kijken naar de genen en eiwitten die in de plant actief zijn en vooral ook hoe al die verschillende genen elkaar beïnvloeden.
Hoe pak je dat aan?
We hebben een populatie van 160 Arabidopsis planten die allemaal van dezelfde twee ouders afkomstig zijn. Alle planten bevatten een mix van het genetisch materiaal van beide ouders, maar die mix is voor iedere plant anders. Als je wilt weten welke genen een rol spelen bij de bloeitijd dan kijk je welke planten vroeg gaan bloeien en het genetisch materiaal van die planten ga je dan vergelijken met de planten die later bloeien en zo hoop je te zien welke genen rol spelen bij deze eigenschap.
Ben je zelf actief in de plantenkas?
Ja, het kweken van de planten en het oogsten van de planten om er metingen aan te verrichten doe ik zelf. Daarnaast vindt een belangrijk deel van het werk plaats in het laboratorium, daar haal ik bijvoorbeeld het DNA uit de planten. Tot slot doe ik ook veel computerwerk om alle gegevens van de metingen te analyseren. Ik doe overigens niet alles alleen, voor grote proeven kan ik steunen op collega's en we werken ook samen met andere groepen die hun eigen specialisme hebben. Mijn dagelijkse werk is daarom heel afwisselend.
Wordt Arabidopsis ergens voor gebruikt?
Nee, niet dat ik weet, maar ik heb wel eens gehoord dat je er een salade van kunt maken.
Waarom ben je er dan in geïnteresseerd?
Arabidopsis is een echte modelplant. Het was de eerste plant waarvan het complete genoom, dat is al het genetisch materiaal, opgehelderd is. Omdat het overal ter wereld voorkomt is er veel natuurlijke genetische variatie, dat is ook heel interessant voor genetisch onderzoek. Bovendien is de plant makkelijk en snel te kweken. Het is daarom een populaire plant, de halve plantenwereld werkt aan Arabidopsis. Dat is ook een groot voordeel, want er is dus al heel veel bekend over de plant en er zijn heel veel nuttige technieken beschikbaar voor het onderzoek.
Valt er nog wel iets nieuws te ontdekken binnen zo'n druk veld?
Ja, want iedereen werkt natuurlijk wel aan een eigen onderwerp binnen het Arabidopsis-onderzoek. Je wilt wel echt iets nieuws doen. Maar juist omdat er zoveel werk aan gedaan wordt ben je gezamenlijk bezig de hele puzzel op te lossen. En dat maakt het heel leuk.
Oké, en dan weet je straks alles over Arabidopsis, maar wat hebben we daar aan?
We gebruiken Arabidopsis als een model voor andere planten. Het is zeer waarschijnlijk dat bepaalde genen en genetische patronen die we in Arabidopsis vinden ook in andere planten een rol spelen. Zo kun je veel gerichter onderzoek doen naar belangrijke landbouwgewassen zoals aardappel en rijst. We weten nog heel weinig van de genetische basis van allerlei belangrijke eigenschappen van landbouwgewassen; opbrengst, smaak, of ze tegen droogte kunnen etc. De kennis vanuit het Arabidopsis-onderzoek maakt het mogelijk om deze gewassen heel gericht te verbeteren.
Via genetische modificatie?
Nee, juist niet. Wij werken alleen met natuurlijke variatie, niet met genetisch gemodificeerde planten. Ons onderzoek laat zien dat je door gebruik te maken van de natuurlijke verschillen tussen planten heel veel kunt doen om gewassen te verbeteren. Dankzij de kennis over Arabidopsis kunnen plantenveredelaars veel gerichter planten met elkaar kruisen op de klassieke manier om daarmee die natuurlijke variatie te gebruiken.
Je hebt je promotieonderzoek bijna afgerond, maar wil je in het onderzoek blijven?
Ja, dat zou ik wel willen. Onderzoek doen is heel erg leuk omdat je met iets nieuws bezig bent, iets waar niemand anders mee bezig is. Dat je dingen te weten komt, dingen die nog niemand anders weet, dat maakt onderzoek doen heel interessant. En het is een heel vrij beroep, je bent vrij in je keuzes, in je manier van werken. Dat is heel anders dan op de gewone werkvloer. Als onderzoeker ben je heel zelfstandig bezig.
