Micro-organismen kunnen in de industrie worden toegepast voor milieuvriendelijke toepassingen.
In de industrie wordt al tientallen jaren veel gebruik gemaakt van genetisch veranderde micro-organismen. Micro-organismen hebben een aantal duidelijke voordelen boven planten of dieren. Het begint al met de maatschappelijke acceptatie. Tegen het genetisch veranderen van micro-organismen maakt bijna niemand bezwaar, mits er goed over de veiligheid is nagedacht.
Een ander voordeel dat micro-organismen hebben is dat ze relatief eenvoudig zijn en snel kunnen groeien. Hun verdubbelingstijd is enkele uren. Zodra een geschikt organisme is ontwikkeld kan het snel in grote hoeveelheden aangemaakt worden en ingezet worden voor het productieproces. Bij planten en dieren duurt het veel langer voordat ze producten leveren, dagen tot maanden. Micro-organismen zijn al flink aan het werk in de industrie.

Spijkerbroeken stonewashen geeft ze een 'modieus vaal uiterlijk'. Het chemische proces is belastend voor het milieu. Een alternatieve methode die gebruik maakt van micro-organismen levert hetzelfde resultaat op een veel vriendelijkere manier.

Ook het wasmiddelen profiteren van het gebruik van micro-organismen. Het milieu profiteert mee, want allerlei toevoegingen, zoals fosfaten, worden er overbodig door gemaakt.

Het enzym chymosine wordt gebruikt om melk in kaas te veranderen. Normaal wordt dit enzym gewonnen uit de magen van geslachte kalveren. Door een bacterie uit te rusten met het kalvergen voor chymosine kan het enzym nu in vaten gekweekt worden, en hoeft het niet meer uit kalveren gewonnen te worden.
Ook de pharmaceutische industrie maakt gebruik van micro-organismen. Bacteriën met een gen voor menselijk insuline maken het leven van suikerpatiënten een stuk dragelijker. Voorheen was insuline van varkens het alternatief, maar dat geeft bij sommige patiënten bijwerkingen.

Overigens hoeven micro-organismen niet per se genetisch veranderd te worden, zoals in bovengenoemde voorbeelden. Bij waterzuivering, bijvoorbeeld, maakt met gebruik van micro-organismen die van nature in staat zijn om afvalstoffen uit het water te verwijderen.