Bij immunofluorescentie wordt gebruik gemaakt van een antilichaam dat specifiek aan het te onderzoeken eiwit (X) bindt. Wanneer dit antilichaam (A) wordt toegevoegd aan het te onderzoeken monster, hecht deze zich vast aan het specifieke eiwit (X) indien dit aanwezig is. Na wegspoelen van niet gebonden antilichamen blijven alleen de gekoppelde antilichamen (A) over. Vervolgens worden antilichamen (B) met een fluorescerende groep toegevoegd, die specifiek binden aan A. Na wegspoelen van de niet gebonden antilichamen (B) kan het monster worden bekeken met een speciale microscoop. De fluorescerende groepen van de antistoffen (B) zullen nu oplichten. Op deze manier kan aangetoond worden of de eiwitten aanwezig zijn en zo ja, waar de eiwitten zich bevinden.
