Zo werkt een microarray voor activiteit genen
Messengers
Genen die actief zijn, produceren boodschapper-RNA's (mRNA's), die een kopie van de gen-informatie bevatten. Actieve genen produceren veel mRNA, inactieve genen produceren geen mRNA. Voor een microarray experiment isoleer je het mRNA uit de cellen, zowel uit het gezonde weefsel als uit het tumor weefsel. Vervolgens maak je in een reageerbuis weer DNA kopieën (cDNA) van het mRNA. Het cDNAs bevat dus dezelfde volgorde als het oorspronkelijke gen dat het mRNA heeft geproduceerd.
- Illustratie: Sebastiaan Donders
Kleuren
De cDNAs worden voorzien van een gekleurd fluorescerend label om ze straks te kunnen herkennen. De cDNA's uit de tumorcellen worden voorzien van een rood label, die uit gewone cellen van een groen label. Vervolgens worden alle gelabelde cDNA's in een oplossing in contact gebracht met één microarray waarop de DNA-volgorden van alle genen uit de mens zijn gehecht. De gelabelde cDNA's zullen binden aan de stipjes op de microarray die DNA bevatten, waarvan de code (volgorde) overeenkomt met de code van het cDNA. Hoe meer mRNA-moleculen van een bepaald gen aanwezig waren in de cel, hoe feller het stipje zal oplichten. Stipjes met genen die alleen in normale cellen actief zijn, kleuren groen. Stipjes met genen die alleen actief zijn in tumorcellen kleuren rood. Stipjes met genen die door beide cellen tot expressie worden gebracht kleuren geel. De resterende stipjes blijven donker.
